FAB ist im Vergleich zur Elektronenstoßionisation ein „sanftes“ Ionisierungsverfahren und erzeugt hauptsächlich protonierte Moleküle wie [M+H]+ oder deprotonierte Moleküle wie [M−H]−. Die Art der Ionisierungsprodukte stellt FAB in die Nähe zu Verfahren wie Chemische Ionisation (CI), Elektrospray-Ionisation (ESI), Atmospheric Pressure ...